Ο Μιχάλης Παυλής ήρθε στα 14 του από τη Μυτιλήνη στα τμήματα υποδομής της ΑΕΚ και το 2007, στα 18 του, προωθήθηκε στην πρώτη ομάδα από τον Σέρα Φερέρ. Αγωνίστηκε ως επιθετικός στην ΑΕΚ μέχρι και το τέλος της σεζόν 2012-13, οπότε και ένα πρόβλημα υγείας τον υποχρέωσε να κρεμάσει το παπούτσια του και να ενταχθεί στο προπονητικό επιτελείο της Ακαδημίας. Εμεινε για οκτώ σεζόν στα τμήματα υποδομής της ΑΕΚ ως πρώτος ή ως βοηθός προπονητής σε όλα σχεδόν τα ηλικιακά τμήματα και από το καλοκαίρι του 2021 είναι ο άμεσος συνεργάτης του Σωκράτη Οφρυδόπουλου στην ΑΕΚ Β.