Με τον Κώστα Νεγρεπόντη να διάγει τα τελευταία χρόνια της ποδοσφαιρικής καριέρας του, η ΑΕΚ κατέκτησε τον πρώτο τίτλο της. Στην πρώτη διοργάνωση Κυπέλλου τη σεζόν 1931-32, έφτασε στον τελικό της 8ης Νοεμβρίου 1931 στη Λεωφόρο Αλεξάνδρας για να αντιμετωπίσει τον πανίσχυρο εκείνη την εποχή Άρη Θεσσαλονίκης. Νίκη με 5-3 για την ΑΕΚ (5’ Ηλιάσκος, 27’, 65’ Μπαλτάς, 70’ αυτ. Οικονόμου, 78’ Νεγρεπόντης - 40’, 43’,80’ Κίτσος) και ιστορική κατάκτηση. Η ενδεκάδα του πρώτου τίτλου: Γιάμαλης, Μάλλιος, Νταϊσπάγγος, Αργυρόπουλος, Κωνσταντινίδης, Πάτροκλος, Νεγρεπόντης, Μπαλτάς, Τζιραλίδης Ι., Ηλιάσκος, Τζιραλίδης Π.
Προς τα τέλη της δεκαετίας του ‘30 και με τη Νέα Φιλαδέλφεια να είναι πια η έδρα της ομάδας, η ΑΕΚ θα γίνει η απόλυτη κυρίαρχος του ελληνικού ποδοσφαίρου, κατακτώντας το νταμπλ του 1939 και το πρωτάθλημα του 1940. Ο Μαρόπουλος, ο Δελαβίνιας, ο Ρίμπας, ο Σκλαβούνος, ο Μανέττας, ο Τζανετής, ο Μάγειρας, ο Χατζησταυρίδης, ο Ξένος κι άλλοι εξαιρετικοί ποδοσφαιριστές με τον Κώστα Νεγρεπόντη να τους καθοδηγεί πλέον ως τεχνικός, έδειχναν ικανοί να κυριαρχήσουν για χρόνια στο ελληνικό ποδοσφαιρικό στερέωμα.
Ομως η πορεία εκείνης της ομάδας διεκόπη άδοξα λόγω του Β’ Παγκοσμίου πολέμου. Μια γενιά μεγάλων ποδοσφαιριστών έχασε τα καλύτερά της χρόνια (ο Σπύρος Κοντούλης έχασε και τη ζωή του από γερμανικό πολυβόλο στο Μετς) ενώ και το γήπεδο υπέστη λεηλασία από τους κατακτητές.