Ο πρώτος τίτλος στο ενιαίο πρωτάθλημα Α’ Εθνικής χάθηκε με πολύ επώδυνο τρόπο το καλοκαίρι του 1960. Η ήττα της ΑΕΚ στη Νέα Σμύρνη την τελευταία αγωνιστική από τον Πανιώνιο με 3-2, παράλληλα με την απρόσμενη συντριβή του Ολυμπιακού από τον Παναθηναϊκό στο Καραϊσκάκη με 4-1, είχαν ως αποτέλεσμα να πάνε σε μπαράζ η ΑΕΚ και ο Παναθηναϊκός και εκεί να επικρατήσει ο τελευταίος με 2-1.

Τα επόμενα χρόνια, όμως, ήταν πολύ σημαντικά. Η ΑΕΚ, με πρόεδρο τον οραματιστή Νίκο Γκούμα, ολοκλήρωσε τις εργασίες στο γήπεδο της Νέας Φιλαδέλφειας και από τις αρχές του 1962 διέθετε ένα μεγάλο και σύγχρονο για τα δεδομένα της εποχής στάδιο σαράντα χιλιάδων θέσεων με χλοοτάπητα και με διαμορφωμένο το πέταλο προς την πλευρά του Αλσους.

Λίγους μήνες μετά αποκτήθηκε ο 20χρονος Μίμης Παπαϊωάννου και, με ηγέτη πάντα τον πρώτο σκόρερ της ομάδας Κώστα Νεστορίδη, η ΑΕΚ έφτασε το 1963 στην κατάκτηση του πρώτου τίτλου πρωταθλήματος Ελλάδας μετά από 23 χρόνια! Οπως και το 1960, ο τίτλος κρίθηκε και πάλι σε μπαράζ, αυτή τη φορά υπέρ της ΑΕΚ, που μετά το 3-3 με τον Παναθηναϊκό στη Νέα Φιλαδέλφεια αναδείχθηκε πρωταθλήτρια λόγω καλύτερου συντελεστή τερμάτων.

Προπονητής ήταν ο πρωτοποριακός σε ιδέες και μεθόδους Ουγγρογερμανός Γένε Τσάκναντι, ο οποίος επέστρεψε στην ΑΕΚ το 1967 για να την οδηγήσει σε έναν ακόμα τίτλο το 1968, με μια ομάδα που πλέον είχε νέο αίμα (Κώστας Νικολαϊδης, Παπαγεωργίου, Κεφαλίδης, Σταθόπουλος, Καραφέσκος, Μπαλόπουλος, Βεντούρης, Πομώνης, Βασιλείου κ.α.). Ενδιάμεσα των δύο πρωταθλημάτων, η ΑΕΚ είχε κατακτήσει τα Κύπελλα του 1964 και του 1966, έστω και χωρίς να παίξει στους Τελικούς. Το 1964 η ΕΠΟ δεν όρισε επαναληπτικό ημιτελικό μετά τα μεγάλα επεισόδια στον αγώνα Παναθηναϊκού-Ολυμπιακού στη Λεωφόρο Αλεξάνδρας, ενώ το 1966 ο Ολυμπιακός δεν κατέβηκε να αγωνιστεί, διαμαρτυρόμενος για την επιμήκυνση της αγωνιστικής περιόδου που είχε προκληθεί από το «σίριαλ» της διεξαγωγής των ημιτελικών και του τελικού.